1997年3月，重慶直轄，劃入原萬縣市、涪陵市和黔江地區(qū)管轄的區(qū)域。原重慶市轄11區(qū)3市7縣：渝中區(qū)、江北區(qū)、沙坪壩區(qū)、九龍坡區(qū)、南岸區(qū)、大渡口區(qū)、北碚區(qū)、萬盛區(qū)、雙橋區(qū)、巴南區(qū)、渝北區(qū)；永川市、江津市、合川市；綦江縣、長壽縣、大足縣、銅梁縣、璧山縣、潼南縣、榮昌縣。原萬縣市轄3區(qū)8縣：龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)，忠縣、云陽縣、巫山縣、城口縣、開縣 、梁平縣、奉節(jié)縣、巫溪縣。原涪陵市轄2區(qū)1市3縣：枳城區(qū)、李渡區(qū)，南川市，墊江縣、豐都縣、武隆縣。原黔江地區(qū)轄5自治縣：彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、黔江土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。是年12月，重慶市調(diào)整行政區(qū)劃。撤銷萬縣市及其所轄的龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)，設(shè)立萬縣區(qū)；龍寶區(qū)、天城區(qū)、五橋區(qū)改為龍寶管理委員會、天城管理委員會、五橋管理委員會；萬縣區(qū)轄龍寶、天城、五橋三個管理委員會。設(shè)立萬縣移民開發(fā)區(qū)，與萬縣區(qū)為一套機構(gòu)兩塊牌子。原萬縣市所轄的忠縣、開縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣由萬縣移民開發(fā)區(qū)代管。城口縣、梁平縣由重慶市直接管理。撤銷涪陵市及其所轄的枳城區(qū)、李渡區(qū)，設(shè)立涪陵區(qū)。原涪陵市所轄南川市、墊江縣、豐都縣、武隆縣由重慶市直接管轄。撤銷黔江地區(qū)。設(shè)立黔江開發(fā)區(qū)，代管原黔江地區(qū)的彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、黔江土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。至此，重慶直轄市轄13區(qū)4市23縣，萬縣移民開發(fā)區(qū)代管忠縣、開縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣；黔江開發(fā)區(qū)代管彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、黔江土家族苗族自治縣、秀山土家族苗族自治縣。直接管理12區(qū)4市12縣。

1998年5月，萬縣區(qū)改為萬州區(qū)，萬縣移民開發(fā)區(qū)改為萬州移民開發(fā)區(qū)。

2000年6月，撤銷萬州移民開發(fā)區(qū)、黔江開發(fā)區(qū)；撤銷黔江土家族苗族自治縣，設(shè)立黔江區(qū)；原萬縣移民開發(fā)區(qū)代管的忠縣、開縣、云陽縣、奉節(jié)縣、巫山縣、巫溪縣和原黔江開發(fā)區(qū)代管的彭水苗族土家族自治縣、酉陽土家族苗族自治縣、石柱土家族自治縣、秀山土家族苗族自治縣由重慶市直接管理。7月，萬州區(qū)龍寶、天城、五橋三個管理委員會改為移民開發(fā)區(qū)。